Projectビューの項目をunitypackageにExportすると、TagやLayerが消えてしまいます。解決策がいかにありました。
Is this workaround OK? It's for fixing lost tag/layer info on export/import - Unity Answers
unitypackageには含められないので、別途、設定ファイルをコピーしてくる必要があるようです。
- Exportしたいアセットを選んで、Export
- Unityを閉じる
- Export元のプロジェクトフォルダー内のProjectSettingsフォルダーにある TagManager.asset ファイルを、Exportの適用先の同フォルダーに上書きコピー
- Unityを開いて、Export先のプロジェクトを開く
- Exportしてあったunitypackageをインポートする
以上で、Unity5.0.1でもうまくいきました。