[Convert]が表示されるのが面倒なので、以下のサイトを参考に設定をしておきましょう。
- MonoDevelopを起動する
- [Tools]メニュー>[Options]を選択
- Optionsウィンドウの左から[Text Editor]>[General]を選択
- [Coding]欄の[Line ending conversion:]欄を[Always convert line endings]に変更
- [OK]で閉じる
以上で、保存時に改行コードが設定と違う場合、自動的に変更されるようになります。
[Convert]を出さないだけであればこれで完了です。改行コードに拘りたい場合は、以下の設定をします。ただし、この設定はMonoDevelop4.0.1ではプロジェクトを作るごとに設定しないといけないようなので忘れがちになりそうです。