2017/6/9現在、GitHub Desktopでリポジトリーを作成する際に、Git ignoreを設定したにも関わらず、ファイルが追加されないことがあります。一時的な症状とは思いますが、その際の解決策です。
.gitignoreが追加されたかどうかの確認
GitHub Desktopでプロジェクトを作成したら、[History]の最初のコミットメッセージを確認します。

以上は成功している例です。失敗した場合、Added .gitattributesしか表示されません。その場合は、.gitignoreを生成してくれるWebサービスを使ってプロジェクト用のファイルを作成して、手動で追加します。
ここで紹介するのは、Unityの例です。それ以外のプロジェクトの場合は、Unityの部分を、そのプロジェクト(例えばVisualStudio)に置き換えてください。
設定を生成
.gitignoreファイルの内容を生成します。
- gitignore.io - Create Useful .gitignore Files For Your Project を右クリックして、新しいウィンドウで開く
- Unityと、Windowsと、macOSと、Linuxの4つを指定します
- [Search・・・]という欄に、
Unityと入力して[Enter]キーを押し、Windowsと入力して[Enter]キーを押し、macOSと入力して[Enter]キーを押し、linuxと入力して[Enter]キーを押します

- 必要な設定を追加したら、[Create]ボタンをクリックします

- ignoreファイルが表示されます。[Ctrl]+[A]キーを押してすべて選択して、[Ctrl]+[C]キーでコピーしておきます

設定をテキストファイルに保存
Windowsのシステムでは、.から始まるファイルを作成できません。そこで、a.txtというテキストファイルを作成して、そこにignore設定を貼り付けた後、シェルを使ってファイル名を変更します。
プロジェクトフォルダー内にa.txtという一時的なテキストファイルを作成して、そこにコピーした内容を貼り付けます。
- GitHub Desktopに切り替えて、プロジェクト(以下の例では、
UnityGitHub)を右クリックして、[Open in Explorer]を選択して、フォルダーを開きます

- エクスプローラーの余白部分を右クリックして、[新規作成]>[テキスト ドキュメント]をクリックします

- ファイル名を
a.txtに変更します

- 作成した
a.txtをダブルクリックして、メモ帳で開きます - [Ctrl]+[V]キーを押して、先ほどコピーした内容を貼り付けたら、[Ctrl]+[S]キーを押して保存して、閉じます
.gitignoreファイルにリネーム
a.txtを.gitignoreにリネームします。
- GitHub Desktopに切り替えます
- 対象のプロジェクト名(ここでは
UnityGitHub)を右クリックして、[Open in Git Shell]をクリックします

- Git Shellという端末が起動します。以下のコマンドを入力して、[Enter]キーを押します
mv a.txt .gitignore

以上で、.gitignoreが追加できました。Git Shellは不要になりましたので、exitと入力して、[Enter]キーを押して、閉じます。
最後に
GitHub Desktopに切り替えて、[Changes]を選択してください。成功していたら、先ほどよりも対象のファイル数が減っているはずです。

あとは、通常通り、Summaryに変更点を入力したら、Commitして、Publish、あるいはSyncしてください。